Bugs

バグの情報とかです．

今のところ判明しているバグや不具合などは，
https://github.com/CueMol/cuemol2/issues

で管理されています．以上にないようなバグを発見された方は，メーリングリストや Twitter@cuemolnohito にお寄せください．

特に，crash dump fileを送付いただくと解決が早い場合があります．cuemol2/CrashReporterを参照ください．

あと，現段階でわかってはいるものの解決が難しい不具合と，その応急的な対処法については以下をご覧ください．

Version 2.2.0.315で解決していない不具合など

Qscファイルを（フォルダ間で）移動すると，読み込んでいたPDBファイルが開けないためqscファイル自体も開けなくなってしまう

qscファイルに埋め込んでいない分子や電子密度などがあると，このような事態が起こる場合があります．qscファイルとリンクしている外部PDBやMTZファイルの相対パスが変化しないように一緒に移動すると問題がないように作られている筈ですが，それでもおかしくなる場合はご連絡ください．

Animation renderingの結果できるmovieが，指定時間よりも短く終わってしまう

Frame rateが25から正しく変更できないバグがあります．ともかくもFrame rateを25にしてrenderingすると指定時間のmovieになると思います．今後修正予定です．

MacOS Xでrenderer groupを作成しても中にrendererをdrag&dropで入れる事が出来ない

現在原因究明中です．

POV-Ray renderingで，半透明のRendererを2種類以上作成し，それらが重なるような配置でレンダリングを行うと，Rendererの境界がギザギザになる．

半透明のRendererを2種類以上作成した場合でも，すべてのアルファ値を同じに統一するとこの問題は一応回避できます．どうしても異なるアルファ値を用いたい場合は，重ならないような向きに工夫するか，より高解像度でレンダリングして後でPhotoshop等で縮小するとギザギザが軽減されます．

起動直後に，動作がカクカクしフリーズしたようになる場合がある

起動直後には，javascriptのgarbage collectionが作動する傾向があります．1分くらい放置すると直ります．

グラフィクスがIntel GMAの環境で正常に動作しない

ノート型PCでよく使われている，チップセット統合型のIntel GMAグラフィクス環境ではVersion 2.1.0.243が正常に動作しない場合があります．cuemol2/UseGLShaderを参照してshaderをoffにしてみてください．

Mol surface generation toolでおかしな分子表面が生成される場合がある

分子内側に球状の物体が出来てしまう場合があります． 分子表面の生成コードにバグがあるため． とりあえずの解決策としてMSMSを使用して分子表面を生成するとこのような問題はなくなります．

Mol surface cutterを使用するとクラッシュする

上記のおかしな分子表面（分子内側の球状の物体）を切断するように切断面を選ぶと，クラッシュしてしまいます． 同様にとりあえずの解決策としてMSMSを使用して分子表面を生成するとこのような問題はなくなります．

一部の環境で，原子をクリックするとクラッシュする

Windows XPで報告あり．原子をクリックすること自体に問題があるのではなく，クリックしたときに文字ラベルが表示されるが，そこでクラッシュしている可能性がある．

Symmetryで表示させた対称分子の範囲がおかしい

分子の重心が範囲に入るかどうかで表示判定しているため，一見おかしく感じるかもしれないですが，一応仕様で正常動作です．範囲を広めに指定することで対処してください

対称分子を表示させている状態でクラッシュしやすくなる．

再現性が取れていないため原因は不明．