Documents/FileReaderOptions

Documents

ファイル読込み時のOptionについて

ファイルを開くときに，選択しているファイル形式に応じたオプションを（もしあれば）設定できるようにしました．

上図のファイルを開くダイアログで，ファイルのタイプに対応したオプションがあれば まるで囲ったOptionsボタンが有効になります． （現在ＰＤＢのみにオプションがありますが，今後必要に応じて増やす予定です）

PDBファイル読込み時のOption

例えばＰＤＢ形式が選択されている状態でOptionsを押すと，以下のようなダイアログが表示されます．

例えば，デフォルトではNMR等の複数モデル構造は， 最初のモデル(MODEL〜ENDMDLで囲まれていない部分)のATOMのみ読み込まれますが， 上記"Load NMR multiple models"check boxをONにすると， 全てのモデルが読み込まれます(但しチェインとして読込まれる)．

あと，二次構造をONにしていると，二次構造が構造から計算されます． もしPDBファイルにHELIX/SHEETレコードが書かれていても， それらは無視されて，構造から計算されるようになります．

QScriptによる読込み時Option

QScriptからファイルを読み込む場合にも， 上記と同様のオプションを指定することができます．

 $mol = qobj.readObj("PDBFileReader", "ファイル名", "オブジェクト名", {...});

qobj.readObj()メソッドは，ファイルを読み込む為の低レベルなメソッドです． 通常使うreadPDB等はこれを呼び出す関数として(startup.qsで)定義されています． 最後の{}内に，{オプション名=>値, オプション名=>値, ...}を記述すると， オプションに対する値を指定した上で，ファイルが読み込まれます．

 $mol = qobj.readObj("PDBFileReader", "ファイル名", "オブジェクト名", {build2ndry=>false});

よって，上記のようにしてPDBファイルを読み込むと， 二次構造が再計算されなくなります．

 $mol = qobj.readObj("PDBFileReader", "ファイル名", "オブジェクト名", {build2ndry=>false, loadmodel=true});

さらに，上記のようにしてPDBファイルを読み込むと， 二次構造が再計算されなくなり，かつNMRの複数モデルが(chainとして)読み込まれます．

PDBFileReaderのオプションには以下のものがあります．

ただし，二次構造を読み込まない場合は良くあると考えられるので， 関数readPDB_nosecも用意されています．

 $mol = readPDB_nosec("ファイル名", "オブジェクト名")

これは，startup.qsで定義されており，readPDBマクロ等と使い方は同じです．