CueMol: cuemol2/Build

Linuxでのbuild

CentOS 5.Xでの場合．(それ以外のdistrでも，xulrunnerがちゃんと動くようなら一応動くのでは．未確認．)

Ubuntu amd64では動くようです（Biochem_fanさんに感謝！）． http://pastebin.com/uHcmVrE8

必要なソフトウェア・ライブラリ類のインストール

xulrunner SDK
BOOST C++ Libraries
FFTW
CGAL
glew

※ライブラリーのうちBOOST以外は特定のモジュールからしか使用されていないので、以下の例ではなるべくstatic libraryとして作ってリンクするようにしている。（もちろん全部shared libraryとして作って実行時リンクするようにしても構わない。）

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xulrunner SDK

MacOSXの場合と同様．

ftp://ftp.mozilla.org/pub/xulrunner/releases/からdownloadできる． CueMol2のバージョンに合ったバージョンのSDKを用いる必要がある。 2.2.0では23.0.1を使用している。

SDKのほうを，　~/src/xulrunner/xulrunner-sdk/以下に展開する．

Runtimeのほうを，　~/src/xulrunner/xulrunner/以下に展開する．

Xulrunner 23.0.1を使用した場合は，SDKとruntimeを使用すればOK. Sourceからbuildする必要はなかった．

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BOOST C++ Libraries

多くのlinux distributionでは，パッケージとしてBOOSTが最初から入っている場合が多い．それでコンパイルできて動く場合は問題ないが，うまくいかない場合は自前で最新版を入れた方がよい．

Version 2.1.0では1.44.0を使用している．ちなみに1.52.0を使用したらconfigureが通らない（他のlibにboost_systemへの依存が出来ているため．要改善）

自前で入れる場合はhttp://www.boost.org/から取得できる．方法はMacOSXの場合と大体同様．すべてのlibraryのbuildを行う必要はない．~/app/boost以下にインストールされるべくbuild．

ただし，MacOSXの場合と同様にsoが配置されない場合は，手動でコピーする必要有り．

具体的には：まずソースを展開後、bjamをbuildする。

 cd boost_1_44_0
 ./bootstrap.sh --prefix=~/app/boost

次に、bjamでビルドする。以下のようなshell scriptを作成して必要なものだけbuildするようにした。

 #!/bin/sh
 instpath=~/app/boost
 ./bjam \
   --prefix=$instpath \
   --exec-prefix=$instpath \
   --libdir=$instpath \
   --includedir=$instpath \
   --with-date_time \
   --with-filesystem \
   --with-iostreams \
   --with-program_options \
   --with-regex \
   --with-system \
   --with-thread \
   link=shared,static threading=multi install

ただし、上記iostreamsはbzip2の開発環境（bzip2-develなど）がinstallされていないとbuildに失敗する。（iostreamsは使用していないので省いても良いかも）

実際にはinstallしてもうまくいかない。bjamのscriptが期待するdirectory構成と違うようにinstallされてしまうため。以下のようにファイルを移動してcuemolのautoconf scriptから参照しやすいようにした。

1.44では、$instpathに直にインストールされていたので、$instpath/libを作って、そこに移動。
include filesも、$instpathに直にインストールされてしまうので、$instpath/includeを作って、boostをそこに移動

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FFTWのインストール

http://www.fftw.org/download.htmlから取得可能。

基本的に、configure/makeでOK。あと、defaultでstatic libraryがbuildされるが、それでOK. 最終的にはsoとしてbuildされるため，-fPICは(static libraryであっても)つけておく必要がある．

 env CFLAGS="-fPIC -DPIC" \
     ./configure \
     --enable-float \
     --prefix=$HOME/proj/fftw \
     --disable-fortran \
     --disable-shared

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CGAL

version 3.8を使用
CMakeはOSのパッケージのものでOK

cmakeの実行

 cd CGAL-3.8
 cmake -DBOOST_ROOT=$HOME/proj/boost/ \
       -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$HOME/proj/CGAL-3.8/ \
       -DBUILD_SHARED_LIBS=FALSE \
       -DCMAKE_CXX_FLAGS="-fPIC -DPIC" .

makeの実行
make installの実行

※-fPICは入れないとsoとlinkできない

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glewのインストール

version 1.7.0を使用
Sourceを展開して単にmake．configureとかはない．以下のように環境変数GLEW_DESTを指定してinstall先を変更($HOME/proj/glew)．
```
 env GLEW_DEST=$HOME/proj/glew CFLAGS.EXTRA="-fPIC -DPIC" make
 env GLEW_DEST=$HOME/proj/glew make install
```
$GLEW_DEST/lib64以下にlibraryがinstallされるが、shared objectは使わないので消しておく。消さないとsoの方が優先的にリンクされてしまう。

※当たり前だがX11やOpenGLの開発パッケージがインストールされている必要がある。
CFLAGS.EXTRAでPICオプションを指定しないと、後々shared libraryとしてリンクできなくなる。

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Repositoryからチェックアウト

MacOSXの場合と同様．すなわち，

Anonymous (http)

 git clone https://github.com/CueMol/cuemol2.git cuemol2

特定ユーザー (ssh)

 git clone git@github.com:CueMol/cuemol2.git cuemol2

以下では~/proj/cuemol2以下にcheckoutしたとする．

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configureスクリプトの実行とbuild

以下buildは，~/proj/cuemol2/uxbuildにて行うのでcdで移動．

configureを走らせるためのスクリプトrun_config.shが，~/proj/cuemol2/uxbuildにあるので，必要に応じて編集．（これを使わなくても出来なくもないが，いちいちキーボードから入力するのは面倒なので）

library等のインストール位置を上述から変更していない場合は， CVS repositoryにあるrun_config.shは，ライブラリーのインストール位置が上述と合致しないため，変更が必要．

gecko_sdk_dir=$HOME/src/xulrunner/xulrunner-sdk/
gecko_rt_dir=$HOME/src/xulrunner/xulrunner/
boost_dir=$HOME/app/boost

エラー無くconfigureスクリプトが生成され，さらにMakefileが生成されたら，makeコマンドを実行．buildが行われる．

基本的に出来上がりはすべてso (shared object)になるので環境によっては-PIC -fPIC引数が必要(ubuntu amd64の場合)．

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試し実行

make installを行うと，~/proj/cuemol2/xul_gui以下に必要なファイル類が配置される．xulrunnerの引数に，~/proj/cuemol2/xul_gui/application.iniを与えて起動すれば動くはず．

~/src/xulrunner/xulrunner-sdk/bin/xulrunner ~/proj/cuemol2/xul_gui/application.ini

うまくはしらない場合は，MacOSXの場合と同様

 setenv NSPR_LOG_MODULES linker:5

を使うこともできるが，あまり有用な情報は出ない模様．一方，ld.soの設定LD_DEBUGをつかって

 setenv LD_DEBUG libs

とすると，どのsymbolがみつからなくてどのsoのloadがコケたか詳しく出てくる．

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インストールパッケージの生成

/proj/cuemol2/uxbuild/uxdistに移動し、make distを実行するとインストールパッケージ（tar.bz2形式）が作られる。

 cd uxdist
 make dist

できるファイルは、CueMol2-<version>-Linux-Intel64.tar.bz2になる。このパッケージ中のbin/cuemol2を実行すると起動する。

cuemol2/Build_Linux