cuemol2/DisoRenderer

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Disordered領域の表示

タンパク，核酸のdisorder領域の主鎖を表示するためのrendererです．

結晶構造でdisorderし見えていない部分を，Ribbon rendererなどの主鎖を滑らかに（Bezier曲線の）点線でつないだように表示できます．

作成

Disorder rendererはRibbon renderer等の不連続部分を点線でつなぐものなので，それ単独では機能しません． まずはじめにRibbon（あるいはCartoon, Nuclなど）rendererを作成し， その次にDisorder rendererを作成してください．

Disorder領域の判定

同じchainに含まれているのに，残基番号が連続していない（Ribbonなどで主鎖表示が分断される）ような場合に，その間がdisorderしていると判定され，disorder rendererによる点線表示の対象となります． （前後でchainが違っていたりすると表示されない）

色の設定

色の設定は，他のrendererと同様にColorパネルで行います． 色は，Disorder領域の両端の残基の色で着色されます． 両端で色が異なる場合は，両方の色の間でgradientになります．

プロパティー設定

Common tab

Selection

Disorder rendererも，他の分子（MolCoord）用rendererと同様に，selectionを指定して表示部分を指定（制限）できます． Defaultではselectionは*になっており，分子中disorderしている領域全てが点線表示の対象となりますが， これをたとえば「A.1:100.*」に変更すると，chain Aの残基番号1から100の範囲内にあるdisorder領域のみが点線表示対象となります．

この機能を使用して，１つの分子に複数のdisorder rendererをattachして，点線の形状を変えたりすることが可能です． 下図の例では右のdisorder領域と左のdisorder領域に対して別々のrendererを作成することで，ドットの大きさと間隔が異なるように表示しています．

その他

他のrenderer同様に，Edge linesによる輪郭線や，materialを変更してべた塗にするなどが可能です． 下図は，edge線を設定しmaterialをnolighting（べた塗）に設定した例です．

Disorder tab

Target

Disorder領域の点線を表示するtargetのrendererを指定します． 作成時には，自動的に，その時点で存在するribbon, cartoon, nucl等のrendererから適当に選ばれるようになっています． 意図していないtargetが選ばれてしまっている場合は，この設定を変更してください．

Detail

点線の点（球）のポリゴン分割レベル．大きいほど細かく滑らかになる．

Dot size

点線の点（球）の大きさ．Defaultは0.3． 下図左は0.1，右は0.5にした場合の例．

Dot separation

点線の間の間隔．下図左は0.6，右は1.8にした場合の例．

Loop size

Disorder部分と主鎖のつながり方を指定する．大きい値にするとよりなめらかに，飛び出した形になる．(具体的にはBezier曲線の制御点の位置に影響する) Default値は2.0．

下図左は1.0，右は6.0にした場合の例．

Loop size 2

Disorder部分とC末端側主鎖（タンパクの場合）のつながり方を指定する． Defaultでは値は-1になっているが，その場合N, C末端ともに（上記の）Loop sizeの値が使われる． 0以上の値を指定すると，Loop sizeがN末端，Loop size 2がC末端側の接続の滑らかさになる． 大きい値にするとよりなめらかに，飛び出した形になる． （具体的には，N末端，C末端側それぞれのBezier曲線の制御点の位置に影響する）

下図は，loop size = 0.5, loop size 2 = 4にした場合．loopsize(N末端側,手前のβシート側)は非常に小さいので，折れ曲がったように不連続になっているが，loopsize2(C末端側，奥のβシート側)は大きいので，滑らかに接続されている．