CueMol: cuemol2/TubeRenderer

Tube renderer

Tubbe rendererは蛋白質や核酸の主鎖を滑らかなチューブでつないで表示するrendererです．

Tubeには以下のような設定項目があります．

Sectionは，tubeの断面の形状に関する設定項目です．

Type: 断面の形状を指定する．設定内容はribbonと同じなので，cuemol2/RibbonRenderer#helix_sectionを参照してください．
Detail: 断面のポリゴン分割数を指定する．大きい値を指定するほど細かく分割されて表示がきれいになるが，描画スピードは低下する．Rendering後の画像で角ばったように見える場合は，後述Axial detailとともに増加させると解消される．
Width1, Width2: Tubeの太さをÅ単位で指定する．Width1で横方向，Width2で縦方向の長さ(半径)を指定する．
左はWidth1 (0.5 Å)>Width2 (0.1 Å)，右はWidth1 (0.1 Å)<Width2 (0.5 Å)の場合．(Typeはelliptical)
　
Sharpness: 設定内容はribbonと同じなので，cuemol2/RibbonRenderer#helix_sectionを参照してください．

PuttyはB-factorなどのパラメータに応じてtubeの太さを変える表示設定です．パラメータの最大値で太さがHigh scale倍に太くなり，最小値で太さがLow scale分の１に細くなります．その間の値を持つ部分については連続的（線形補間）に変化します．

以下のような設定項目があります．

Mode: Offはputtyを使用しない(太さ一定に)．Linear, Scalingはtargetに指定したパラメータに応じて太さを変化させるputty modeになる．
Target: 太さを変化させるターゲットを指定する．B-factorかOccupancyを選べる．
Low scale: パラメータの最小値における太さのscaling値．最小のパラメータを持つ残基の部分でtubeの太さがLow scale分の１に細くなる．defaultだと1/3に細くなるようになっている．
High scale: パラメータの最大値における太さのscaling値．最大のパラメータを持つ残基の部分でtubeの太さがHigh scale倍に太くなる．defaultだと3倍に太くなるようになっている．

そのほか，以下のような設定があります．

いずれもribbon rendererの類似の設定と同じ意味を持ちますので，詳しくはcuemol2/RibbonRenderer#common_settingsを参照してください．